Współczynniki genetyczne

[ZbyszekC]

Mógłbym skorzystać z istniejącego wątku o inbredzie ale jest już zwietrzały i dyskusja nic nie wniosła.

W najświeższej bazie rodowodowej jest odwołanie do pewnego opracowania. AniaW chyba nawet na nie ostatnio się powoływała. Podane tam są pewne zalecenie odnośnie wskaźnika inbredu.
W zaleceniach tych mówi się o 5-pokoleniowym rodowodzie.
I tu mam problem
Jak to liczyć? Czy szczeniak jest pierwszym pokoleniem? Czy pokolenia liczymy od rodziców? Współczynniki są wtedy przeważnie dosyć różne.
W znanym sporej części ogarkowiczów papierowym rodowodzie moim zdanie jest uzględnione pięć pokoleń.
Bohater i cztery pokolenia przodków.

[1e2w3a]

Pokolenia liczymy od rodziców. Wybierz z bazy jakiegoś psa. Na samym dole jest jego rodowód, a tuż nad tabelką z rodowodem jest mały kwadracik z liczbą odpowiadającą liczbie pokoleń dla tego rodowodu. Można zmienić tę liczbę i tabela też się zmieni.
Jak widać liczba kolumn w tabeli odpowiada liczbie pokoleń, a w pierwszej kolumnie są zawsze rodzice.

[ZbyszekC]

Ewa, posługiwanie się bazą mam opanowane na pamięć i na wyrywki.

Ale przyznaję. Moje pytanie świadczy o całkowitym odmóżdżeniu przez internet.
Wystarczyło sięgnąć do Słownika Języka Polskiego który w przypadku zootechniki podaje definicję rodowodu hodowlanego jako "zestawienie przodków danego zwierzęcia, uszeregowanych pokoleniami"
Co było do dowiedzenia. Ale ten kurz na półce ze słownikami
Czyli, mówi się trudno i szuka się dalej.

[1e2w3a]

Chciałam się spytać o sposób liczenia inbredu dla psa w przypadku różnej liczby pokoleń występującej w rodowodach rodziców. Wartości inbredu np. dla rodowodów 4 czy 5 pokoleniowych się różnią i czy to może oznaczać, że osobnicy na poziomie 4 czy 5 pokolenia są traktowani jako osobnicy niespokrewnieni z sobą? To mogłoby tłumaczyć różne wartości inbredu, ale czy tak jest? Oczywiście można by się pokusić o obliczenie tego „na piechotę” ale obawiam się, że łatwo wtedy o pomyłke. Nie wiem do kogo kierowac to pytanie, ale może ktoś ma takie informacje.

[genetyk]

Polecam moje teksty o liczeniu inbredu, zamieszczone na stronie:
http://www.siczorlowska.republika.pl/" onclick="window.open(this.href);return false;
Zakładka: biblioteka tekstów i dalej: tematy ogólne.
Miłej lektury!

[ogończyk]

Pani Doktor! Z całym należnym szacunkiem i podziękowaniem. O ile można wierzyć statystyce? Pzdr.

[genetyk]

"O ile można wierzyć statystyce?"

Statystyka, a dokładniej szacowanie pokrewieństwa i inbredu, opiera się na rachunku prawdopodobieństwa. Czyli nic nie jest pewne, a jedynie prawdopodobne. Tu kryje się zresztą pewien paradoks. Jest pewne, że po 50% naszych genów, czy dokładniej- po jednym allelu z każdej pary genów, otrzymaliśmy od ojca i matki. Ale to koniec pewności. Nie wiemy, co otrzymaliśmy po dziadku, bo przez matkę (ojca) mogliśmy allel dziadka otrzymać lub nie. Czyli gdy go otrzymamy, to 50% alleli z jednej pary genów pochodzi od tego konkretnego dziadka. Ale jeżeli allelu nie było w komórce jajowej (plemniku), to go po prostu nie mamy i wtedy udział allelu dziadka w naszym genotypie wynosi 0%. I to wyjasnia, to losowe dziedziczenie genów, czemu jedne zinbredowane osobniki są homozygotami pod względem jakiejś niekorzystnej cechy warunkowanej genetycznie, a drugie nie, i czemu przy tym samym poziomie inbredu jedne są zdrowe a drugie nie. Czyli jak by na to nie patrzeć, wszystko w rękach boga.

[ogończyk]

I to wyjasnia, to losowe dziedziczenie genów, czemu jedne zinbredowane osobniki są homozygotami pod względem jakiejś niekorzystnej cechy warunkowanej genetycznie, a drugie nie, i czemu przy tym samym poziomie inbredu jedne są zdrowe a drugie nie. Czyli jak by na to nie patrzeć, wszystko w rękach boga.

Byłażby zatem genetyka zaledwie intelektualną "zabawą" wybitnych umysłów? Dobrze rozumiem? Nawet przebadanie całości populacji, nie zmienia nic w praktyce, bo "dalej nic nie wiadomo"? A "ciąg geometryczny", w tym wypadku, (przez co rozumiem systematyczne badanie następujących po sobie pokoleń), to zaledwie "uprawdopodobnienie prawdopodobieństwa"? Hmm. Zapytałem kiedyś wprost, przy okazji badań oczu, pewnego wybitnego Specjalistę, o sens wykluczania z hodowli osobników z ujawnionym entropium, czy distichiasis i odpowiedział mi przewrotnym pytaniem: "A w imię czego?" Zdaje się, że teraz rozumiem Go lepiej. Pzdr.

[1e2w3a]

Nasz poziom ludzkiej wiedzy jest na pewno wysoki, ale to nie znaczy że wszystko wiemy i do wszystkiego potrafimy dotrzeć. Genetyka to nie matematyka i nie da się tego wszystkiego ująć w jakieś sztywne ramy i tu pojawia się prawdopodobieństwo. Ale czy ma to oznaczać żebyśmy odstąpili od tego co nam oferuje to prawdopodobieństwo? Równie dobrze można odrzucić obliczanie współczynnika inbredu w naszej bazie i liczyć na sprzyjający nam los. Nawet jeżeli czegoś nie wiemy to nie znaczy, że nic w tym DNA nie zachodzi. Może nie potrafimy jeszcze w dużej liczbie przxypadków określić jakie to układy homozygotyczne są niekorzystne i niepożądane ale to może być sprawą bliższego czy bardziej odległego czasu.

Zapytałem kiedyś wprost, przy okazji badań oczu, pewnego wybitnego Specjalistę, o sens wykluczania z hodowli osobników z ujawnionym entropium, czy distichiasis i odpowiedział mi przewrotnym pytaniem: "A w imię czego?" Zdaje się, że teraz rozumiem

Jednoznacznej odpowiedzi na to to ja nie potrafię dać, ale uważam że w imię jakiegigoś rozsądku i umiaru, aby nie zabrnąć zbyt daleko. Ale to moje zdanie, a specjalistą nie jestem.

[genetyk]

No zabawa to nie jest, bo genetyka populacji przybliża nas do wiedzy, jakie geny są obecne w puli genowej i w jakiej proporcji. Czyli możemy np. oszacować niebezpieczeństwo zachorowania psa na jakąś chorobę genetyczną. Lub przewidzieć prawdopodobny rozkład umaszczeń w planowanym miocie. To oczywiście nie ma zastosowania do ogarów z racji na bezwariantowe umaszczenie, ale już u "moich" hovawartów z trzema typami umaszczenia (blond, czarny, cz. podpalany) jak najbardziej.
Problem z wykluczaniem osobników chorych lub nosicieli z hodowli sprowadza się do pytania: jakie geny wyrzucimy przy okazji wyrzucania "złych" genów? W bardzo małych populacjach/rasach koszty mogą być wyższe niż profity. Taki przykład ze świata koni. Niektóre konie Przewalskiego w USA mają widoczną domieszkę konia domowego (nietypowe umaszczenie). Kiedy rozważano wyeliminowanie ze stada takich miksów, okazało się, ze dojdzie do poważnego zubożenia puli genowej tego bardzo nielicznego gatunku, bo wyrzucając "domowe" geny wyrzuci się także oryginalne geny gatunku (przecież metodami hodowlanymi nie da rady wyrzucić jednego genu, np. umaszczenia, bez uszczerbku dla pozostałych genów osobnika).